Член Общественной палаты Республики Удмуртия; с 1985 по 1987 годы - иподиакон, референт, келейник Архиепископа Владимирско-Суздальского Серапиона; в 1989 году рукоположен в диаконы, с этого же года служил в кафедральном Троицком соборе г. Ижевске; в 1991 году рукоположен в священники и назначен настоятелем Свято-Никольского храма в селе Завьялово; отец Сергий ведет активную религиозно-общественную работу: с 1993 года член Всероссийского комитета "Церковь и армия" при академии Генерального штаба Российской Армии, несколько раз выезжал в Чечню; с 1995-го - почетный член Православного движения "За жизнь" против абортов, созданного Ижевским отделением Ассоциации "Витязи" в рамках программы "Генофонд"; выходит на встречи со студенческой аудиторией в УдГУ, регулярно работает с учащимися 9-11 классов Завьяловской средней школы, детьми-сиротами из Завьяловской специальной коррекционной школы-интерната; с 1998 года ведет службу еще в двух храмах Ижевска, которые построены под духовным руководством Свято-Никольского храма в местах лишения свободы: храм целителя Пантелиймона при ИТК N 4 (строгого режима) и храм Николая Чудотворца (ИТК N 9); за пастырское служение в апреле 1999 года отцу Сергию (Кондакову) присвоено духовное звание протоиерея, вручена Патриаршая награда - орден Преподобного Сергия Радонежского.