Родился 21 января 1964 г. в г. Порхове Псковской обл. В 1981 г. окончил среднюю школу. В 1981-1982 гг. работал медбратом в районной больнице. В 1982 г. поступил в Ленинградский педиатрический медицинский институт, который окончил в 1989 г., получив диплом врача-педиатра. 12 марта 1988 г. пострижен в монашество. 15 января 1989 г. рукоположен во иеродиакона, 6 августа — во иеромонаха, назначен штатным священником Никольского собора Калининграда. С 3 апреля 1990 г. настоятель Казанской церкви в пос. Янтарном. С 13 января 1991 г. настоятель Серафимовской церкви г. Светлогорска. С 5 мая 1993 г. настоятель церкви Рождества Богородицы Калининграда. 5 мая 1996 г. назначен настоятелем строящегося кафедрального собора Христа Спасителя в Калининграде. 17 ноября 1992 г. возведен в сан игумена. 9 января 2000 г. возведен в сан архимандрита.
6 февраля 2000 г. хиротонисан во епископа Зарайского, викария Московской епархии, назначен управляющим Патриаршими приходами в США. Хиротонию совершали: Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий; митрополиты Минский и Слуцкий Филарет, Патриарший экзарх всея Беларуси, Крутицкий и Коломенский Ювеналий, Смоленский и Калининградский Кирилл, Солнечногорский Сергий, Волоколамский и Юрьевский Питирим; архиепископы Псковский и Великолукский Евсевий, Тверской и Кашинский Виктор; епископы Бронницкий Тихон, Балтийский Пантелеимон, Орехово-Зуевский Алексий, Красногорский Савва.
Экстерном окончил Санкт-Петербургские православные духовные семинарию и академию. Доктор богословия.
Определением Священного Синода от 31 марта 2009 г. (журнал № 18) освобожден от обязанностей управляющегоПатриаршими приходами в США и назначен председателем Синодального отдела религиозного образования и катехизации.
Указом Святейшего Патриарха Кирилла назначен настоятелем подворья Патриарха Московского и всея Руси храмов Высоко-Петровского монастыря г. Москвы. 10 октября 2009 г. решением Священного Синода (журнал № 101) назначен наместником Высоко-Петровского ставропигиального мужского монастыря г. Москвы. С декабря 2010 г. по июль 2011 г. окормлял приходские храмы на территории Северного административного округа г. Москвы (Всехсвятское благочиние). С 22 марта 2011 г. — член Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви.
Решением Священного Синода от 27 июля 2011 г. (журнал № 68) назначен Преосвященным Ростовским и Новочеркасским с временным сохранением должности председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации. Решением Священного Синода от 5-6 октября 2011 г. (журнал № 132) назначен главой новообразованной Донской митрополии; также определением Синода (журнал № 120) назначен временно исполняющим обязанности ректора Донской духовной семинарии. 8 октября 2011 г. возведен в сан митрополита. Решением Священного Синода от 26 июля 2012 г. (журнал № 77) освобожден от должности наместника Высоко-Петровского монастыря г. Москвы.
Решением Священного Синода от 29 мая 2013 г. (журнал № 62) освобожден от обязанностей ректора Донской духовной семинарии. Исполняя послушания Священноначалия, Преосвященный Меркурий: 26 июня 2009 г. возглавил Комиссию по вопросам духовно-нравственного воспитания в общеобразовательной школе, организованной при Синодальном отделе религиозного образования и катехизации;
распоряжением Святейшего Патриарха Кирилла от 29 июня 2009 г. введен в состав Редакционного совета по написанию учебника и методических материалов по учебному курсу «Основы православной культуры» для средней школы;
указом № 248 от 9 июля 2009 г. министра образования и науки РФ А.А. Фурсенко введен в состав Совета Министерства образования и науки РФ по федеральным государственным образовательным стандартам;
21 июля 2009 г. назначен председателем вновь образованного Отдела религиозного образования и катехизации г. Москвы;
27 июля 2009 г. на заседании Священного Синода введен в состав Состав Межсоборного присутствия Русской Православной Церкви;
10 октября 2009 г. Священным Синодом утвержден членом Издательского Совета Русской Православной Церкви на период 2010-2012 гг. (журнал № 93);
25 декабря 2009 г. Священным Синодом утвержден членом рабочей группы по подготовке современного катехизиса Русской Православной Церкви;
29 января 2010 г. избран сопредседателем комиссии Межсоборного присутствия по вопросам духовного образования и религиозного просвещения;
5 марта 2010 г. решением Священного Синода назначен председателем Комиссии по церковным приютам и вопросам церковного попечительства о детях, созданной при Отделе религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви. Определением Священного Синода от 22 марта 2011 г. (журнал № 30) назначен заместителем председателя Комиссии по церковным приютам и вопросам церковного попечительства о детях при Патриархе Московском и всея Руси;
с 16 декабря 2010 г. член комиссии Межсоборного присутствия Русской Православной Церкви по вопросам организации жизни монастырей и монашества;
с декабря 2010 г. член Координационного комитета по поощрению социальных, образовательных, информационных, культурных и иных инициатив под эгидой Русской Православной Церкви, сопредседатель направления «Образование и духовное становление личности»;
член Межведомственного совета по обеспечению координации и контроля реализации плана мероприятий по введению с 2012/2013 учебного года во всех субъектах Российской Федерации комплексного учебного курса для общеобразовательных учреждений «Основы религиозных культур и светской этики»;
определением Священного Синода от 25 декабря 2012 г. вошел в состав Межведомственной координационной группы по преподаванию теологии в вузах (журнал № 114);
определением Священного Синода от 12 марта 2013 г. возглавил межведомственную рабочую группу для координации работы по открытию образовательных центров по подготовке специалистов в области катехизической, миссионерской, молодежной и социальной деятельности (журнал № 26).
Награды: 2003 г. — орден свт. Иннокентия Московского II ст.;
2003 г. — орден свт. Иннокентия Московского II ст. Православной Церкви в Америке;
2003 г. — орден св. равноап. кн. Владимира I ст. (УПЦ);
2005 г. — грамота Синода Православной Церкви в Америке;
2006 г. — орден св. блгв. кн. Даниила Московского II ст.;
2008 г. — орден «1020-летие Крещения Руси» (УПЦ);
2008 г. — медаль «1020-летие Крещения Руси»;
2009 г. — грамота Архиерейского Синода (РПЦЗ);
2009 г. — орден свт. Иоанна Шанхайского и Сан-Францисского (РПЦЗ);
2009 г. — медаль свв. равноапп. Кирилла и Мефодия I ст. (УПЦ).